Çorum Müzesi  1989-1991 ve 1992 yıllarında Eskiyapar’da arkeolojik kazı gerçekleştirmiştir. Kazılarda, Boğazköy ve Alacahöyük’teki Hitit İmparatorluk Çağı’nın Eskiyapar’daki paralelliğini tespit etmek, burada tablet olup olmadığını öğrenmek ve Alacahöyük’ün zengin ETÇ’nın durumunu öğrenmek amaçlanmıştır. Çorum Müzesi’nin kazıları için höyüğün kuzey yamacı seçilmiş ve 10×10 m’lik bir yerde kazıya başlanmıştır. A açması olarak nitelenen bu alanın tercih edilme sebeplerinin höyüğün burada dik bir yamaç oluşturması ve erozyon nedeniyle mimari ve küçük eserlerin ortaya çıkması gösterilmiştir. Kazılar sırasında Frig kültür katı ve Hitit kültür katı tabakalarında çalışılmıştır. Çorum Müzesi’nin kazılarında kolcuklu bronz Hitit baltası ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca iğne ve kanatlı ok ucu gibi eserlerin yanı sıra fritten yapılmış Mısır kökenli bir Horus gözü tasviri bulunmuştur (benzeri Alişar’da mevcuttur). Bu eser, Eskiyapar’ın Yakındoğu içi kültürel ilişkilerindeki bir başka önemini vurgulamaktadır. Çorum Müzesi’nin gerçekleştirdiği son kazı Eskiyapar’ın önemini korumasına destek olmuştur.