Höyük, konumu itibariyle uzunca bir süreden beri bilinmektedir. 19. yy’ın ilk yarısında Eskiyapar’dan bahsedenlerden biri W.J. Hamilton’dur. O yıllarda Alaca üzerinden Eskiyapar yönüne hareket eden Hamilton, höyüğü görmüş ve önemine değinmiştir. H.H. von der Osten, Eskiyapar’dan bahseder ve onu “Altıyapan” olarak tanımlar. J.G.C. Anderson, 1903 yılındaki çalışmasın
da Eskiyapar’ı konu almıştır: Eskiyapar’ın batısındaki Kıcılı Köyü’nü geçip Alaca’ya doğru yola devam ederken Eskiyapar’a uğradığını 1903’de yazmıştır. Köyden önce iki mil taşının daha önce alındığını anlatır; Eskiyapar’ı antik Karissa olarak lokalize etmek ister. J.Garstang 1926’ daki yayınında bu çevreden bahsetmiştir. Höyük üzerindeki ilk fiziki uygulama 1945 yılında Alaca Höyük kazısı ekip üyesi E. Akurgal tarafından yapılmıştır. Akurgal, Eskiyapar’da bir sondaj gerçekleştirmiş, bu vesile ile Eskiyapar’ın, Pazarlı ve Alaca Höyük’te temsil edilen medeniyetlere sahip olduğunu vurgulamıştır. Aynı yıl Ankara Müzesi Müdürü R. Temizer başkanlığındaki Kalınkaya kazı heyeti Eskiyapar’da incelemelerde bulunmuştur. İncelemeler sırasında MÖ 3. binyıla ait bir kale duvarı kalıntısı ile Roma ve Bizans Dönemlerine ait yazılı taş eserler görülmüştür. 1968 yılında ise Eskiyapar’dan boğa kabartmalı bir vazo Eskiyapar sakinleri tarafından Ankara Anadolu Medeniyetleri Müzesi’ne teslim edilmiştir. Ayrıca bu yıllarda Eskiyapar’dan çok sayıda tam kaplar ve diğer eserler ortaya çıkmaya başlamış, höyük arkeoloji camiasının odak noktası olmuştur. Höyük üzerinde inşaat uygulaması sırasında açılan temeller, yol, bahçe gibi düzenlemeler hem üst tabakaları tahrip ediyor hem de eserlerin ortaya çıkmasına neden oluyordu. Bunun üzerine Ankara Anadolu Medeniyetleri Müzesi tarafından isabetli bir kararla 1968 yılında Eskiyapar’da ilk arkeolojik kazılar başlatılmıştır. Kazılar devam ederken, öncelikle höyüğün doğu ve kuzeydoğusundaki evler kısmen kamulaştırılmış, Eskiyapar kazı ve araştırma evi inşa edilmeye başlamıştır. Müze tarafından yürütülen kazılar 1982 yılına kadar devam etmiş, aynı yıl kazılara ara verilmiştir. M. Mellink, 1968’de R. Temizer’in Eskiyapar’da kazılara başlayacağını bildirmektedir: Mellink 1969 yılından itibaren Eskiyapar kazılarını AJA dergisinde “Archaeology in Asia Minor” başlığı içinde vermiştir, kazıların ikinci yılında 1969’da 100×75 m’lik bir alandaki Roma, Galat ve Frig kalıntılarının temizlenerek, 1970’deki derin kazılar için ortam oluşturulduğunu yazmıştır. 1983-1984 yıllarında daha önce Alaca Höyük’te olduğu gibi höyükteki köy evleri kaldırılarak höyük yüzeyi boşaltılmış, evler bugünkü yerlerine taşınmıştır.